Евразия экономикалык биримдигинин органдары төмөнкүлөр:
Жогорку Евразиялык экономикалык кеңеши;
Евразиялык өкмөттөр аралык кеңеши;
Евразия экономикалык комиссиясы;
Евразия экономикалык биримдигинин Соту.
Жогорку Евразия экономикалык кеңеши (Жогорку кеңеш, ЖЕЭК) Биримдиктин жогорку органы болуп эсептелет жана Биримдиктин мүчө мамлекеттеринин башчыларынан турат. Жогорку кеңеш Биримдиктин ишмердүүлүгүнүн принципиалдуу маселелерин карайт, интеграцияны өнүктүрүүнүн стратегиясын, багыттарын жана перспективаларын аныктайт жана Биримдиктин максаттарын жүзөгө ашырууга багытталган чечимдерди кабыл алат.
Жогорку Евразия экономикалык кеңешинин чечимдери жана тескемелери консенсус менен кабыл алынат. Жогорку Кеңештин чечимдери мүчө мамлекеттер тарабынан, алардын улуттук мыйзамдарында каралган тартипте аткарылууга тийиш.
Жогорку Кеңештин отурумдары жылына 1 жолудан кем эмес өткөрүлөт. Биримдиктин ишмердүүлүгүнүн кечиктирилгис маселелерин чечүү үчүн каалаган мүчө мамлекеттин же Жогорку Кеңештин Төрагасынын демилгеси боюнча Жогорку Кеңештин кезексиз отуруму чакырылышы мүмкүн.
Евразия өкмөттөр аралык кеңеш (Өкмөттөр аралык кеңеш) Биримдиктин мүчө мамлекеттердин өкмөт башчыларынан турган органы болуп саналат. Өкмөттөр аралык кеңеш Евразия экономикалык биримдиги жөнүндө келишимдин, Биримдиктин алкагында эл аралык келишимдердин жана Жогорку Кеңештин чечимдеринин жүзөгө ашырылышын камсыздайт жана алардын аткарылышына көзөмөл жүргүзөт; Комиссиянын Кеңешинин сунушу боюнча, консенсус табылган маселелерди карайт; Комиссияга тапшырмаларды берет жана ЕАЭБ жөнүндө келишимде жана Биримдиктин алкагындагы эл аралык келишимдерде каралган башка ыйгарым укуктарды ишке ашырат. Евразия өкмөттөр аралык кеңешинин чечимдери жана тескемелери консенсус менен кабыл алынат жана мүчө мамлекеттер тарабынан, алардын улуттук мыйзамдарында каралган тартипте аткарылууга тийиш.
Өкмөттөр аралык кеңештин отурумдары зарылчылык боюнча, бирок жылына 2 жолудан кем эмес өткөрүлөт. Биримдиктин ишмердүүлүгүнүн кечиктирилгис маселелерин чечүү үчүн каалаган мүчө мамлекеттин же Өкмөттөр аралык кеңештин Төрагасынын демилгеси боюнча Өкмөттөр аралык кеңештин кезексиз отуруму чакырылышы мүмкүн.
Евразия экономикалык комиссиясы – Биримдиктин туруктуу негизде иш алып барган жөнгө салуучу органы. Комиссия Кеңештен жана Коллегиядан турат. Комиссия ченемдик-укуктук мүнөзгө ээ жана мүчө мамлекеттер үчүн милдеттүү чечимдерди, уюштуруучулук-тескөөчү мүнөзгө ээ тескемелерди, жана милдеттүү мүнөзгө ээ эмес сунуш-көрсөтмөлөрдү кабыл алат. Комиссиянын чечимдери Биримдиктин укуктарына кирет жана мүчө мамлекеттердин аймактарында түздөн-түз колдонулууга тийиш.
Евразия экономикалык комиссиясынын чечимдери, буйруулары жана сунуш-көрсөтмөлөрү консенсус менен кабыл алынат. ЕЭК Коллегиясынын чечимдери, тескемелери жана сунуш-көрсөтмөлөрү квалификациялык көпчүлүк (Коллегия мүчөлөрүнүн жалпы санын 2/3 добушу) же консенсус (тизмеси ЖЕЭК аныкталган өтө маанилүү маселелер боюнча) менен кабыл алынат.
Комиссия Москвада жайгашкан.
Евразия экономикалык биримдигинин Соту - Евразия экономикалык биримдигинин туруктуу иш алып барган сот органы болуп саналат.
Соттун ишмердүүлүгүнүн максаты мүчө мамлекеттер жана Биримдиктин органдары Евразия экономикалык биримдиги жөнүндө келишимди, Биримдиктин алкагындагы эл аралык келишимдерди, Биримдиктин үчүнчү өлкөлөр менен эл аралык келишимдерин жана Биримдиктин органдарынын чечимдерин бир түрдүү колдонуусун камсыздоо болуп саналат. Сот ЕАЭБ жөнүндө келишимди, Биримдиктин алкагында эл аралык келишимдерди жана (же) Биримдиктин органдарынын чечимдерин жүзөгө ашыруу маселелери боюнча келип чыккан талаштарды мүчө мамлекеттин же ээлик кылуучу субъекттин арызы боюнча карайт. Мүчө мамлекеттин арызы боюнча талаштарды карап чыгуунун жыйынтыктары боюнча Сот чечим чыгарат, жана ал талаштын тараптары тарабынан аткарылууга милдеттүү. Ээлик кылуучу субъекттин арызы боюнча талаштарды карап чыгуунун жыйынтыктары боюнча Сот чечим чыгарат, жана ал Комиссия тарабынан аткарылууга милдеттүү.
Соттун курамына ар бир мүчө мамлекеттен экиден судья кирет, алар кызматка мүчө мамлекеттердин сунушу боюнча Жогорку экономикалык кеңеш тарабынан, тогуз жылдык мөөнөткө дайындалат. Сот иштерди Соттун Чоң коллегиясынын, Сот Коллегиясынын жана Соттун Апелляциялык палатасынын курамында карайт.
ЕАЭБ Соту Минскте жайгашкан.