Եվրասիական տնտեսական միության մարմիններն են.
Եվրասիական տնտեսական բարձրագույն խորհուրդը.
Եվրասիական միջկառավարական խորհուրդը.
Եվրասիական տնտեսական հանձնաժողովը.
Եվրասիական տնտեսական միության դատարանը:
Եվրասիական տնտեսական բարձրագույն խորհուրդը (Բարձրագույն խորհուրդը, ԵՏԲԽ) Միության բարձրագույն մարմինն է, որը բաղկացած է անդամ պետությունների ղեկավարներից: Բարձրագույն խորհուրդը քննարկում է Միության գործունեության սկզբունքային հարցերը, որոշում ինտեգրման զարգացման ռազմավարությունը, ուղղություններն ու հեռանկարները և ընդունում Միության նպատակների իրականացմանն ուղղված որոշումներ:
Եվրասիական տնտեսական բարձրագույն խորհրդի որոշումներն ու կարգադրությունները ընդունվում են կոնսենսուսով: Բարձրագույն խորհրդի որոշումները ենթակա են կատարման անդամ պետությունների կողմից այն կարգով, որը նախատեսված է նրանց ազգային օրենսդրությամբ:
Բարձրագույն խորհրդի նիստերն անցկացվում են ոչ պակաս, քան տարին անգամ: Միության գործունեության անհետաձգելի հարցերի լուծման համար անդամ պետություններից յուրաքանչյուրի կամ Բարձրագույն խորհրդի նախագահի նախաձեռնությամբ կարող են գումարվել Բարձրագույն խորհրդի արտահերթ նիստեր:
Եվրասիական միջկառավարական խորհուրդը (Միջկառավարական խորհուրդ) Միության մարմին է, որը բաղկացած է անդամ պետությունների վարչապետներից: Միջկառավարական խորհուրդն ապահովում է Եվրասիական տնտեսական միության մասին պայմանագրի, Միության շրջանակում միջազգային պայմանագրերի ու Բարձրագույն խորհրդի որոշումների իրագործումն ու կատարման վերահսկողությունը, Հանձնաժողովի Խորհրդի առաջարկով քննարկում է այն հարցերը, որոնցով կոնսենսուս ձեռք չի բերվել, Հանձնաժողովին առաջադրանքներ տալիս, ինչպես նաև իրականացնում ԵԱՏՄ մասին պայմանագրով ու Միության շրջանակում միջազգային պայմանագրերով նախատեսված այլ լիազորություններ: Եվրասիական միջկառավարական խորհրդի որոշումներն ու հանձնարարականներն ընդունվում են կոնսենսուսով ու ենթակա են կատարման անդամ պետությունների կողմից՝ վերջինների ազգային օրենսդրությամբ նախատեսված կարգով:
Միջկառավարական խորհրդի նիստերն անցկացվում են ըստ անհրաժեշտության, բայց ոչ պակաս, քան տարին 2 անգամ: Միության գործունեության անհետաձգելի հարցերի լուծման համար անդամ պետություններից յուրաքանչյուրի կամ Միջկառավարական խորհրդի նախագահի նախաձեռնությամբ կարող են գումարվել Միջկառավարական խորհրդի արտահերթ նիստեր:
Եվրասիական տնտեսական հանձնաժողովը Միության մշտապես գործող կարգավորող մարմինն է: Հանձնաժողովը բաղկացած է Խորհրդից և Կոլեգիայից Հանձնաժողովն ընդունում է նորմատիվ իրավական բնույթի և անդամ պետությունների համար պարտադիր որոշումներ, կազմակերպական-կարգադրական բնույթի կարգադրություններ ու պարտադիր բնույթ չկրող հանձնարարականներ: Հանձնաժողովի որոշումները Միության իրավունքի մասն են կազմում ու ենթակա են կիրառման անդամ պետությունների տարածքներում:
Եվրասիական տնտեսական հանձնաժողովի Խորհրդի որոշումները, կարգադրությունները և հանձնարարականներն ընդունվում են կոնսենսուսի հիման վրա: ԵՏՀ Կոլեգիայի որոշումները, կարգադրություններն ու հանձնարարականներն ընդունվում են որակավորված մեծամասնությամբ (Կոլեգիայի անդամների ընդհանուր ձայների 2/3-ով) կամ կոնսենսուսով (ըստ զգայուն հարցերի, որոնց ցանկը սահմանում է ԵՏԲԽ-ն):
Հանձնաժողովը տեղակայված է Մոսկվայում:
Եվրասիական տնտեսական միության դատարանը Եվրասիական տնտեսական միության մշտապես գործող դատական մարմինն է:
Դատարանի գործունեության նպատակն է անդամ պետությունների ու Միության մարմինների կողմից Եվրասիական տնտեսական միության մասին պայմանագրի, Միության շրջանակում միջազգային պայմանագրերի, երրորդ կողմի հետ Միության միջազգային պայմանագրերի ու միության մարմինների որոշումների միատեսակ կիրառման ապահովումը: Դատարանը քննարկում է ԵԱՏՄ մասին պայմանագրի, Միության շրջանակում միջազգային պայմանագրերի և (կամ) Միության մարմինների որոշումների իրականացման հարցերով ծագող վեճերը՝ անդամ պետության դիմումով կամ տնտեսվարող սուբյեկտի դիմումով: Անդամ պետության դիմումով վեճերի քննարկման արդյունքներով Դատարանը կայացնում է վեճի կողմերի կատարման համար պարտադիր որոշում: Տնտեսվարող սուբյեկտի դիմումով վեճերի քննարկման արդյունքներով Դատարանը կայացնում է Հանձնաժողովի կողմից կատարման համար պարտադիր որոշում:
Դատարանի կազմում ընդգրկված է յուրաքանչյուր անդամ պետությունից երկուական դատավոր, որոնց այդ պաշտոններին նշանակում է Եվրասիական տնտեսական բարձրագույն խորհուրդը՝ անդամ պետությունների ներկայացմամբ, ինը տարի ժամկետով: Դատարանը գործերը քննարկում է Դատարանի մեծ կոլեգիայի, Դատարանի կոլեգիայի և Դատարանի վերաքննիչ պալատի կազմում:
ԵԱՏՄ դատարանը տեղակայված է Մինսկում: