Органамі Еўразійскага эканамічнага саюза з'яўляюцца:
Вышэйшы Еўразійскі эканамічны савет;
Еўразійскі міжурадавы савет;
Еўразійская эканамічная камісія;
Суд Еўразійскага эканамічнага саюза.
Вышэйшы Еўразійскі эканамічны савет (Вышэйшы савет, ВЕЭС) з'яўляецца вышэйшым органам Саюза, якія складаюцца з кіраўнікоў дзяржаў- членаў Саюза. Вышэйшы савет разглядае прынцыповыя пытанні дзейнасці Саюза, вызначае стратэгію, напрамкі і перспектывы развіцця інтэграцыі і прымае рашэнні, накіраваныя на рэалізацыю мэтаў Саюза.
Рашэнні і распараджэнні Вышэйшага Еўразійскага эканамічнага савета прымаюцца кансэнсусам. Рашэнні Вышэйшага савета падлягаюць выкананню дзяржавамі-членамі ў парадку, якi прадугледжаны iх нацыянальным заканадаўствам.
Пасяджэнні Вышэйшага савета праводзяцца не радзей як 1 разу на год. Для вырашэння неадкладных пытанняў дзейнасці Саюза па ініцыятыве любой з дзяржаў-членаў або Старшыні Вышэйшага савета могуць склікацца пазачарговыя пасяджэнні Вышэйшага савета.
Еўразійскі міжурадавы савет (Міжурадавы савет) з'яўляецца органам Саюза, якія складаюцца з кіраўнікоў урадаў дзяржаў-членаў. Міжурадавы савет забяспечвае рэалізацыю і кантроль выканання Дагавора аб Еўразійскім эканамічным саюзе, міжнародных дагавораў у рамках Саюза і рашэнняў Вышэйшага савета; разглядае па прапанове Савета Камісіі пытанні, па якіх не дасягнуты кансэнсус; дае даручэнні Камісіі, а таксама ажыццяўляе iншыя паўнамоцтвы, прадугледжаныя Дагаворам аб ЕАЭС і міжнароднымі дагаворамі ў рамках Саюза. Рашэнні і распараджэнні Еўразійскага Міжурадавага савета прымаюцца кансэнсусам і падлягаюць выкананню дзяржавамі-членамі ў парадку, якi прадугледжаны iх нацыянальным заканадаўствам.
Пасяджэнні Міжурадавага савета праводзяцца па меры неабходнасці, але не радзей як 2 разы на год. Для вырашэння неадкладных пытанняў дзейнасці Саюза па ініцыятыве любой з дзяржаў-членаў або Старшыні Міжурадавага савета могуць склікацца пазачарговыя пасяджэнні Міжурадавага савета.
Еўразійская эканамічная камісія – пастаянна дзейны рэгулявальны орган Саюза. Камісія складаецца з Савета і Калегіі. Камісія прымае рашэнні, якія маюць нарматыўна-прававы характар і абавязковыя для дзяржаў-членаў, распараджэнні, якія маюць арганізацыйна-распарадчы характар, і рэкамендацыі, якія не маюць абавязковага характару. Рашэнні Камісіі ўваходзяць у права Саюза і падлягаюць непасрэднаму прымяненню на тэрыторыях дзяржаў-членаў.
Рашэнні, распараджэнні і рэкамендацыі Савета Еўразійскай эканамічнай камісіі прымаюцца кансэнсусам. Рашэнні, распараджэнні і рэкамендацыі Калегіі ЕЭК прымаюцца кваліфікаванай большасцю (2/3 галасоў ад агульнай колькасці членаў Калегіі) або кансэнсусам (па вострых пытаннях, пералік якіх вызначае ВЕЭС).
Камісія размяшчаецца ў Маскве.
Суд Еўразійскага эканамічнага саюза – з'яўляецца пастаянна дзейным судовым органам Еўразійскага эканамічнага саюза.
Мэтай дзейнасці Суда з'яўляецца забеспячэнне аднолькавага прымянення дзяржавамі-членамі і органамі Саюза Дагавора аб Еўразійскім эканамічным саюзе, міжнародных дагавораў у рамках Саюза, міжнародных дагавораў Саюза з трэцім бокам і рашэнняў органаў Саюза. Суд разглядае спрэчкі, якія ўзнікаюць па пытаннях рэалізацыі Дагавора аб ЕАЭС, міжнародных дагавораў у рамках Саюза і (або) рашэнняў органаў Саюза па заяве дзяржавы-члена або па заяве гаспадарчага суб'екта. Па выніках разгляду спрэчак па заяве дзяржавы-члена Суд выносіць рашэнне, абавязковае для выканання бакамі спрэчкі. Па выніках разгляду спрэчак па заяве гаспадарчага суб'екта Суд выносіць рашэнне, абавязковае для выканання Камісіяй.
У склад Суда ўваходзяць па два суддзі ад кожнай дзяржавы- члена, якія прызначаюцца на пасады Вышэйшым Еўразійскім эканамічным саветам па прадстаўленні дзяржаў-членаў тэрмінам на дзевяць гадоў. Суд разглядае справы ў складзе Вялікай калегіі Суда, Калегіі Суда і Апеляцыйнай палаты Суда.
Суд ЕАЭС размяшчаецца ў Мінску.